Zakład łączy swoją działalność naukową ze współpracą dla przedsiębiorstw realizując zlecenia komercyjne oraz biorąc udział w projektach badawczych. Ich główną tematykę stanowią badania drobnoustrojów stanowiących potencjalne czynniki etiologiczne szpitalnych zakażeń oportunistycznych oraz nowych potencjalnych patogenów ludzi,  a także  na określaniu skuteczności innowacyjnych rozwiązań pod kątem mikrobiologicznym.

Zakład Mikrobiologii Farmaceutycznej i Diagnostyki Mikrobiologicznej posiada naukowy potencjał i odpowiedni warsztat dla wykonywania zadań i rozwiązywania problemów w zakresie oceny  aktywności  przeciwdrobnoustrojowej  związków syntetycznych i pochodzenie naturalnego wobec szerokiego spektrum drobnoustrojów planktonicznych i żyjących w postaci biofilmów. Zajmują się także problemami utrzymania czystości mikrobiologicznej i jałowości w laboratoriach, pracowniach specjalistycznych, aptekach i gabinetach medycznych i kosmetycznych (GLP) oraz w przemyśle farmaceutycznym, kosmetycznym i spożywczym (GMP).